Kaikissa Maaperä kuntoon -ohjelman kohteissa tehdään selvittämisvaiheen päätteeksi kestävyyden arviointi, mikäli riskinarviointi osoittaa, että kohde pitää puhdistaa.
Kestävyyden arvioinnissa vertaillaan eri puhdistusmenetelmien ympäristö- ja terveysvaikutuksia sekä taloudellisia ja sosiaalisia vaikutuksia. Kestävyyden arviointi ohjaa puhdistusmenetelmän tai -menetelmien valintaa. Tavoitteena on valita taloudellinen menetelmä, joka on riskitön kohteen nykyisen maankäytön kannalta.
Kestävyyden arvioinnin jälkeen laaditaan varsinainen puhdistussuunnitelma ja puhdistamisesta tehdään PIMA-ilmoitus alueelliseen Elinkeino-, liikenne- ja ympäristökeskukseen.
Maaperä kuntoon -ohjelma suosittelee kestävyydenarviointia kaikkiin pima-hankkeisiin, joissa puhdistustarve todetaan. Ohjelmalle räätälöity Kestävyyden arvioinnin malli (KESY) on kaikkien vapaasti hyödynnettävissä.